Базиликата "Света София" (Старата митрополия) е част от Архитектурно-историческия резерват в град Несебър. Първоначалното изграждане на храма се отнася към V век. По-късно била реконструирана - ок. VІ-VІІв - когато е бил вграден мраморния блок с надпис: "И викът ми нека стигне до Тебе." (цитат от Библия – Псалми – 102) - елемента е бил част от друга сграда или от по-раншната конструкция на същата.

Сегашния си вид тя е придобила в началото на IX век. През Средновековието църквата служи за катедрален храм на митрополитската епархия с център в Несебър.

По време на войната през 1257г венецианска флота начело с Джакомо Доро нападнала Несебър и венецианците ограбили храма. Те отнесли съхраняваните в него свети мощи - тялото на св. Теодор, ръката и челюстите на св. ап. Андрей, черепа на св. Сист и ръката на св. Вартоломей.

Мощите били пренесени първо в Цариград, а после във Венеция в черквата "Св. Салвадор" където са и днес. В края на XIV-началото на XVв, в "Св. София" била погребана Матаиса Кантакузина-Палеолог, като до днес е запазен надписа от надгробната й плоча. "Света София" продължила да функционира като черква до края на ХVІІІв.